1974年に発表された男性の長期大麻常用者を対象とした研究では男性ホルモンの一種であるテストステロンが44%も減少し、性機能が低下して精液に異常が見られたと報告されている。が、他の研究ではテストステロンの減少を再現できていない。1日にジョイント20本の喫煙を30日間強制させた実験では僅かに精液の濃度が低下したが、結果は正常範囲内であり、生殖力に影響することはないとされている。
女性の大麻使用はプロラクチンの分泌低下を招き、月経異常などの症状がある。一方、研究段階であるが、カリフォルニア大学によって不妊治療への効果の可能性が見つかっている。また、動物実験では大量にTHCを投与した場合にホルモンが変化し排卵が抑制され、投与を中止した場合に正常化されたとする研究報告がある。別の実験ではメス猿に対して1年間のTHC投与で耐性が形成され正常な排卵周期に回復している。
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1984年に大麻の有害成分は胎児にも影響を及ぼし、胎児の大麻中毒や流産、死産の原因にもなり、妊娠時の大麻喫煙による胎児への害の調査報告がなされているが、母体の加齢,タバコ,アルコールなどの交絡因子を考慮した場合、大麻との関連性の統計的有意性を失うことが指適されている。また多くの研究では大麻による悪影響を見出していない。
ジャマイカで行われたフィールド調査では妊娠時に大麻をお茶にして飲んでいることが多かった母親とそうでない母親の乳児を比較した結果、差異は見出されなかった。
初期の研究には重度の大麻使用者の脳に構造的変化が見つかったと主張するものもあるが、それ以降の先進的な研究では再現されたことはない。